Không có đặc điểm phân biệt trên vịt Muscovy để xác định giới tính. Như với hầu hết các loài gia cầm trong nước, giới tính của một con vịt Muscovy nhỏ hơn bốn tuần tuổi chỉ có thể được xác định bằng một quá trình gọi là "trút giận". Tuy nhiên, khi vịt lớn lên, các đặc điểm phân biệt con đực (drakes) với con cái (gà mái) dần trở nên rõ ràng. Vào thời điểm vịt đang đến tuổi trưởng thành, sự khác biệt giữa con đực và con cái có thể được xác định bằng cách quan sát, thậm chí bằng mắt không được huấn luyện.
Quan sát vịt con từ bốn đến sáu tuần tuổi. Những con drakes (con đực) sẽ bắt đầu tăng kích thước so với gà mái (con cái).
Quan sát vịt con từ sáu đến 10 tuần tuổi. Con cái sẽ phát triển lông bay trước con đực. Những con đực nhỏ sẽ có đôi chân dày hơn, dáng đứng rộng hơn và bàn chân lớn hơn con cái.
Quan sát vịt con sau 10 tuần tuổi. Những con vịt đực sẽ phát triển rõ rệt hơn (mặt thịt, mặt nạ củ) so với con cái.
Lắng nghe và quan sát những con vịt. Cả hai giới đều tạo ra một loại âm thanh, nhưng nữ giới có giọng hát nhiều hơn nam giới. Vịt đực Muscovy rít nhiều hơn con cái, kèm theo tư thế vẫy đuôi và lông xù.
